魔法少女奈叶剧场版自公元2001年，况天佑（尹天照饰）、马小玲（万绮雯饰）和他们的一班好友成功阻止女娲灭世危机后，世人度过了三年和平的日子。然而世上最后一个女神瑶池圣母（陈炜饰）为了重投人王伏羲（郑浩南饰)的怀抱，竟以红雪病毒将整个盘古灭族。天佑更是身受病毒之苦，小玲因而回到宋朝，寻找天佑前世。为了拯救生死未卜的天佑，小玲孤注一掷地踏上了征程。当天佑出现与小玲重逢时，命运却再次捉弄世人。圣母、人王二人因为命运与憎恨决定开战，马小玲、况天佑又再次肩负起救世的重任。