古畑任三郎剧场版小职员阿池（黄又南 饰）于凌晨坐上了一辆由九龙旺角开网新界大埔的红色小巴士，车上有司机肥雪（林雪 饰）、义气大叔黄万发（任达华 饰）、神婆（惠英红 饰）、IT男阿信（徐天佑 饰）以及美女Yuki（文咏珊 饰）、吸毒佬（李灿森 饰）等17人。原本平静的夜晚，在小巴穿过狮子山隧道后突然被打破，众人发现除了车上的乘客，全香港的居民仿佛都消失了，一系列的神秘事件接踵而至，大家惊恐之余决定打造统一阵线，以解救自己开启谜团。