云巅之上第二季剧讲述了奇葩舅甥与邻家萌妹青春校园“相爱相杀”的故事。年级垫底的兰靖灰（郝富申 饰）和年级第一的凌冬（边程 饰）成为了同桌，性格喜好迥异的两人都想摆脱对方。班级小透明肖小画（黄子星 饰）也被牵扯进来。经过种种事件后，三人之间友情逐渐深刻。在高三来临之际，三人明确了努力方向，坚定梦想，实现了共赴同一所大学的约定。