魔法少女奈叶剧场版CIA的反恐行动已经接近尾声，Joe（佐伊·索尔达娜 Zoe Saldana 饰）、Kaitlyn（妮可·基德曼 Nicole Kidman 饰）和Byron（迈克尔·凯利 Michael Kelly 饰）招募了一名新特工来潜入一个以前不为人知的威胁。随着来自各方的压力越来越大，Joe作为“母狮”计划的领导者，必须做出巨大的个人牺牲。